Jedným z hlavných problémov mesta príznačných pre väčšinu afrických veľkomiest je verejná doprava.
Systém mestskej verejnej dopravy nie je cenovo dostupný pre chudobnejších obyvateľov, ktorí dávajú prednosť malým minibusom matatu, tie sú často v nevyhovujúcom technickom stave a prispievajú k vyťaženiu už tak preplnených ciest.
Potreba dochádzania do mesta neustále vzrastá - hlavne do obchodnej štvrte v strede mesta. 75% dochádzajúcich je zamestnaných práve v nej.
Nairobi bolo založené kvôli železničnej zastávke, a Kenské Železnice (Kenya Railways – KR) majú stále svoje vedenie v blízkosti mestského centra. Železničná trať začína v Mombase, pokračuje cez mesto, a končí v Kampale.
Železnica sa využíva najmä ako nákladná doprava, avšak v noci ju pravidelne používajú pasažieri z Mombasa, Nairobi a Kisumu. Ranné a večerné spoje smerujú z centra do predmestí.
Na prímestskú dopravu sa využívajú i železničné trate vedúce do Mombasy a Kampaly. Uvažuje sa o železničnom spojení s letiskom. Medzinárodné letisko Joma Kenyatty je najvýznamnejším leteckým uzlom východnej Afriky.
Nairobi je taktiež spojovacím bodom na železničnú trať do Nanyuki.
Autobusy sú najbežnejšou formou verejnej dopravy v Nairobi.
Matatus – súkromné minibusy, sú najobľúbenejšou formou miestnej dopravy, zvyčajne prepravujú do 12 pasažierov. Operujú v rámci mesta a tiež z Nairobi do iných miest. Na boku autobusu je vyznačená destinácia, kam jazdí.
Matatusy sú ľahko rozlíšiteľné podľa namaľovaných extravagantných obrazov. Majitelia si zvyčajne na minibusy namaľujú obľúbený futbalový tím alebo hip hopového umelca.
Vodiči matatusov sú známi neohľaduplnou jazdou a aby maximalizovali zisk pre svojho operátora, k požadovanej destinácii smerujú nie najkratšou cestou.
Podľa zákona z r. 2004 musia byť všetky minibusy vybavené pásom na pripútanie pasažiera, dohliada sa na rýchlosť ich jazdy, ktorá je obmedzená na 80km/h, a všetky sú jednotne biele so žltým pruhom.
Citi Hoppa je najnovšia súkromná flotila operujúca v Nairobi, ktorá používa moderné autobusy jazdiace v rámci mesta. Rozoznáte ich podľa zeleného zovňajšku.
Mesto nemá žiadnu sieť električiek, metra a light rail.
