Pôvodne bola Havana založená v r. 1515 konkiskadorom Diegom Velázquezom de Cuéllarom v blízkosti súčasného mesta Batabanó.
V r. 1519 bola premiestnená na jej dnešné stanovisko, rozvinula sa na významný obchodný a vojenský prístav. Mesto bolo často napádané pirátmi, ktorí ukorisťovali cenný náklad španielskych lodí.
1538 - mesto vyhorelo.1553 -1555 - mesto bolo vyrabované.
1607 - Havana sa stala hlavným mestom španielskej kolónie Kuby.
1762 - Kuba počas sedem ročnej vojny padla pod správu Veľkej Británie. Neskôr bola opäť španielskou kolóniou a stala sa najlepšie opevneným mestom Ameriky.