Amsterdam bol založený v r. 1270 ako rybárska osada na brehu rieky Amstel, ktorá dala mestu meno. V r. 1275 bol Amsterdam oslobodený od platenia mýta pri plavbe po vodných tokoch. Zámerom tohto nariadenia bolo rozvinúť obchod a rybolov.
Mestské práva Amsterdam dostal v roku 1300 alebo 1301. Od 14. storočia mesto prosperuje najmä vďaka obchodu s hanzovými mestami.
V r. 1400 je Amsterdam spravovaný Filipom Burgundským. Pod španielsku správu sa dostáva v r. 1519. Holandská vzbura proti Filipovi II. Španielskemu v 16. storočí vyústila do osemročnej vojny, ktorá nakoniec viedla k nizozemskej samostatnosti.
Nizozemská republika sa stala známou svojou náboženskou toleranciou, a preto sa Židia zo Španielska a Portugalska, bohatí obchodníci z Antverp a hugenoti z Francúzska uchýlili do bezpečia Amsterdamu. Silná migrácia vzdelaných ľudí z Flámska potom dala mestu jazyk (ich brabantský dialekt sa stal základom písanej holandčiny) a spravila z Amsterdamu obchodné centrum.
V r. 1648 Španielsko uznalo nezávislosť Holandska. Holandsko je vo vojnovom stave s Francúzskom v r. 1672 a je atakované i Anglickom. V r. 1689 William Oranžský zasadol na anglický trón.
Sedemnáste storočie je považované za "Zlaté obdobie" Amsterdamu. Na začiatku storočia bol Amsterdam najbohatším mestom Európy. Z Amsterdamu vyplávali lode do Severnej Ameriky, Afriky, dnešnej Indonézie a Brazílie a mesto predstavovalo základňu medzinárodnej obchodnej siete.
Amsterdamskí obchodníci mali najväčší podiel v VOC (Nizozemská Východoindická spoločnosť) a v WIC. Vďaka týmto spoločnostiam boli nadviazané zámorské vzťahy, ktoré sa stali základom tvorby nizozemských kolónii. Amsterdam bol najdôležitejším miestom námornej prepravy tovaru v Európe a popredným finančným centrom sveta. Amsterdamská burza bola prvá na svete s nepretržitou prevádzkou.
V r. 1795 Holandsko je okupované Francúzskom a premenované na Bavariansku republiku. Ľudvik Napoleon, brat francúzskeho cisára, sa stal hlavou republiky.
1815 - Willem I. Oranžský prijíma trón; Amsterdam ostáva formálne hlavným mestom, pričom vláda má rezidenciu v Hágu. Mesto tak stratilo na sláve a komercii.
Počet obyvateľov pomaly rástol - v roku 1500 žilo v meste 10000 obyvateľov, 30000 v roku 1570, 60000 okolo roku 1600, 105000 v roku 1622 a 20000 v roku 1700 (a teda za 200 rokov sa zdvadsaťnásobil). Potom ďalšie poldruha storočie sa počet obyvateľov výrazne nemenil. V priebehu sto rokov pred druhou svetovou vojnou počet obyvateľov sa zoštvornásobil a tento počet zostal rovnaký až do dnešných čias.
Belgicko získava nezávislosť v r. 1839 a vytvorené hranice Holandska sa nemenili až do súčasnosti. Koncom osemnásteho storočia sa otvára Suezský kanál, čím sa zintenzívňuje obchod s Indonéziou a prvé diamanty prichádzajú do Amsterdamu.
Osemnáste a 19. storočie sa niesli v znamení poklesu prosperity Amsterdamu. Vojny Holandska so Spojeným kráľovstvom a Francúzskom si svoju daň vybrali aj v Amsterdame. Počas Napoleonských vojen životná úroveň mesta poklesla na najnižší bod. Nizozemské/Holandské kráľovstvo bolo založené v roku 1815.
Priemyselná revolúcia zasiahla mesto koncom 19. storočia. Bol postavený Amsterdamsko-rýnsky kanál, ktorý priamo spojil mesto s Rýnom a Severomorský kanál spojil prístav so Severným morom. Obidva kanály výrazne zlepšili spojenie so zvyškom Európy a svetom. Projekty pomohli ekonomike k prudkému vzrastu. Medzi rokmi 1850 a 1900 sa počet obyvateľov zdvojnásobil asi na pol milióna.
Koniec 19. storočia je občas nazývaný druhým Zlatým obdobím. V tomto období boli postavené múzea, vlaková stanica a koncertná hala (Concertgebouw).
Holandsko bolo v období 1. svetovej vojny neutrálne.
10. mája 1940 Nemecko napadlo Nizozemsko a následne ho okupovalo. Viac ako 100000 Židov bolo deportovaných, najznámejšou z nich sa stalo mladé dievča, Anna Franková. Takto bola vyhladená takmer celá židovská komunita mesta.
V r. 1948 kráľovná Wilhelmina abdikuje.
