Názov mesta pochádza z latinského mena (zrejme keltského pôvodu) Mamucium, ktoré sa skladá z mamm – prsia a staroanglického ceaster – tábor.
Oblasť Manchestru bola osídlená už pred tým, ako do Anglicka prišli Rimania. V období, keď Rimania tiahli proti Brigantom, nechal rímsky vojvodca Agricola postaviť na východnom brehu rieky Irwel pevnosť. Tato dočasná stavba bola niekoľkokrát prestavaná a stala sa významnou zastávkou na ceste na sever k pevnostiam v Chesteru a Yorku. Severná brána pevnosti a časť hradieb bola zrekonštruovaná v blízkosti Castlefieldu.
1442 - v stredoveku tu existovalo opevnené panské sídlo. Thomas De La Warre, šľachtic a kňaz, venoval tento statok a okolité pozemky cirkvi, aby na sa na nich postavila fara pre kňaza, a zahájil výstavbu univerzitného chrámu.
Z fary je dnes Chetham''s School of Music a chrám sa stal základom súčasnej Manchesterskej katedrály.
1301 - Manchester obdržal kráľovský patent pre poriadenie veľtrhov, čím sa stal významným obchodným centrom danej oblasti.
14. stor. - Salford a Manchester sa vďaka prílevu flámskej komunity značne rozširovali. Usadení Flámi začali s produkciou vlnených odevov a naštartovali tradíciu tkania súkna.
1975-1800 – priemyselná revolúcia zmenila pôvodné malé obchodné mesto na významné priemyselné centrum. Vlhké podnebie vyhovovalo spracovaniu bavlny a rozvoj parou poháňaných strojov urýchlil proces pradenia a tkania.
Výstavba Bridgewater Canal, prvého umelého vnútrozemského kanálu vo Veľkej Británii, podporila rozvoj priemyslu vďaka dostupnosti lacného uhlia. Sprevádzkovanie prvej železnice na svete na trase Liverpool – Manchester ďalej urýchlilo rozvoj mesta a jeho okolia.
Do Manchesterského dištriktu smeroval značný počet ľudí z hladom postihnutého Írska. Vplyv írskej komunity je v Manchestru veľký až do dnešnej doby a každý rok v marci sa tu koná veľká oslava sviatku svätého Patrika.
koniec 19. stor. – vybudoval sa takmer 60 km dlhý Manchester Ship Canal, ktorý siahal od Salfordu až k Merseyskej zátoke pri Liverpoolskom prístave. Kanál umožnil zaoceánskym plavidlám pristávať v dokoch Manchesterského prístavu.
Významná vlna imigrantov (značná časť z nich boli Židia) v danom období pochádzala i zo strednej a východnej Európy. Na konci 19. storočia sa tak Manchester stal kozmopolitným mestom.
Manchester bol v medzivojnovom období postihnutý krízou, ktorá sa dotkla predovšetkým textilného priemyslu.
1940-1944 - v meste sa vyrábali lietadlá pre Royal Air Force, najznámejší z nich bol bombardér Avro Lancaster. Manchester bol častým terčom nacistických náletov, ktoré zničili značnú časť historického mestského centra a vážne poškodili katedrálu.
1941 – najmä v tomto roku bolo mesto atakované nemeckými vzdušnými silami pod názvom Christmas Blitz, pričom sa zničila veľká časť historického centra a vážne poškodila Katedrála.
1974 - Manchester bol vyčlenený z grófstva Lancashire a bol vytvorený metropolitný dištrikt Manchester.
15. jún 1996 – v centre mesta vybuchla bomba nastražená IRA, ktorá zranila asi 200 ľudí. I keď pri útoku nikto nezahynul, vážne poškodil centrum mesta. Pri následnej rekonštrukcii boli vybudované komplexy budov, napríklad Printworks a ďalšie stavby pre nákup a zábavu.
2002 – v meste sa konali 17. hry Commonwealthu. Manchester sa dvakrát, v rokoch 1996 a 2000, uchádzal o usporiadanie Olympijských hier.
2006 – bola dokončená najvyššia rezidenčná stavba v UK – 171 m vysoký, 47-poschodový Beetham Tower.
September 2006 – otvorila sa posledná časť zrenovovaného Manchester Arndale, čím si mestské centrum udržalo titul najväčšieho európskeho nákupného centra.
