Bazilej sa stala rímskou pevnosťou v r. 374 (Basilia). Na ďalších 1000 rokov bola spravovaná cirkvou (biskupmi) a v prvej polovici 15. storočia sa stala miestom korunovácie pápeža. Po začlenení mesta do švajčiarskej konfederácie (1501) získalo v uliciach Bazileji prevahu protestantstvo a v období reformácií sa stalo útočiskom pre cirkevných utečencov z Holandska, Francúzska či Talianska. Blahodarný vplyv rozdielnych kultúr postupne pripravoval Bazilej na jej zlaté obdobie, ktoré vyvrcholilo v 18. storočí, kedy sa stala švajčiarskym kultúrnym a obchodným centrom.
Bazilej bola domovom mnohých významných osobností európskej histórie: Holandský filozof a spisovateľ Erasmus tu vydal prvú edíciu Nového testamentu (v gréčtine), známy je i maliar Holbein, ktorý väčšinu času maľoval Erasmusove portréty a na miestnej univerzite vyučoval nemecký filozof Friedrich Nietzsche.
